KODER → LABORATORIET → BAKTERIER → BAKTERIE (E.4.2.1.)

Bakterie

MADS MENU: KODER → LABORATORIET → BAKTERIER → BAKTERIE (E.4.2.1.) Revideret 28-09-2022

Introduktion

I programmet bakterie oprettes bakterie-koder (art) og -navne. Standardværdier for resistensanalyser kan ses i programmet, men oprettes for bakteriegruppen i Gruppemaske. Før du opretter en ny bakterie skal du vide, hvilken Gruppemaske (bakteriegruppe) bakterien skal tilhøre.

Ved oprettelse af en bakterie kan der være nogle andre parametre og tabeller, der får indflydelse på hvad der vises i dyrkningsprogrammet og på svaret, hvis bakterien findes i prøven. Det er forsøgt vist skematisk.
Bakterier kan sættes til inaktiv.
Bakterieforslag fra analyseautomater (Vitek, Maldi m.fl.) kan mappes til MADS bakteriekoder så der ved hentning af ID fra apparatur i Dyrknings-programmet automatisk konverteres til en MADS bakteriekode.

Oprette eller ændre en bakterie

[illustration af blokken mikroskopityper]

Forskrift
Feltnavn (Klik på betegnelsen for at springe til illustrationen)	Forskrift for at oprette en (ny) bakterie	Forskrift for at ændre i en (allerede oprettet) bakterie
`Art` 18	Indtast en nummerisk kode for bakterien. `[F9] (værdiliste)` viser frie numre. `[ESC]` lukker værdilisten. Klik evt. på knappen "bakterieoversigt" (eller `[Alt + O]`) for at se alle oprettede bakterier. Max. længde: 4 cifre. Obligatorisk.	Man kan ikke ændre den nummeriske kode for bakterien, når den er registreret i prøver. Søg en bakterie, du vil foretage ændringer i, ved følgende tastaturkombination `[F7] (angiv forespørgsel) - [analyseart- kode] - [F8] (udfør søg)`.
`Bakterienavn` Enterococcus faecalis	Indtast bakteriens navn (sådan som det skal optræde på svaret). Max. længde: 35 karakterer. Obligatorisk.	Bakterienavnet kan ændres. men det skal naturligvis være til et navn, der dækker over den samme art.
`Fork.tekst` Enterococ. faecalis	Indtast et forkortet bakterienavnet (til korte felter, hvor navnet optræder i MADS). Max. længde: 25 karakterer. Obligatorisk.	Forkortet navn kan frit ændres.
`Hovedgruppe` 02	Angiv koden for den hovedgruppe bakterien skal tilhøre. `[F9] (værdiliste)` viser oprettede hovedgrupper. `[ESC]` lukker værdilisten. Obligatorisk.	Man kan ændre bakteriens tilhørsforhold. `[F9] (værdiliste)` viser oprettede hovedgrupper. `[ESC]` lukker værdilisten.

`Undergruppe` 06	Angiv koden for den undergruppe bakterien skal tilhøre. `[F9](værdiliste)` viser oprettede undergrupper. `[ESC]` lukker værdilisten. Obligatorisk.	Man kan ændre bakteriens tilhørsforhold. `[F9](værdiliste)` viser oprettede undergrupper. `[ESC]` lukker værdilisten.
`Kode` Fa	Indtast kode for bakteriens egenskab mht. iltkrav. Valgfrit.	Koden kan frit tilføjes, ændres eller slettes.
`Landsnummer` efa	Feltet giver mulighed for at indtaste 3 bogstaver. Bruges i forbindelse med indberetning til Danres og EARSS. Se: - landskoder-bakterier (lokal udgave) - landskoder-bakterier (WHONET-manual) Valgfrit.	Landsnummeret kan frit ændres, tilføjes eller slettes.
`Positiv fund?` (markering)	Angiv om bakterien skal betragtes som positiv fund af hensyn til statistikken. Betragtes fundet som normalt (fx normal svælgflora) bør det derfor ikke indgå i statistikker og opgørelser.	Angivelsen af positiv fund kan frit ændres.
`Mik. på bakt.ovs.?` (markering)	Angiv om bakterien ved fund i mikroskopi skal på bakterieoversigten i konferencelisten.	Angivelsen kan frit ændres.
`Besvares default` (markering)	Angiv om bakterien skal med på svaret.	Angivelsen kan frit ændres.
`Biosikring - mikroorganisme` (markering)	Angiv om bakterien skal rubriceres som biosikringsmateriale. Ved registrering af bakterien i Dyrkning vil der komme en markering på bakterierækken om at det er biosikringsmateriale.	Angivelsen kan frit ændres.
`Aktiv` (markering)	Angiv om bakterien skal være aktiv. Bakterier, der ikke længere skal kunne registreres, kan nu sættes til inaktiv.	Angivelsen kan frit ændres.
`Masker og standardværdier for bakteriegruppen` Oversigt for bakteriegruppen	Næste blok nedenfor indeholder en oversigt (kan IKKE ændres hér) over standardværdier for resistensmålinger oprettet i Gruppemaske for den gruppe, bakterien er tilknyttet.
`Bakterieoversigt` Bakterieoversigt	Knappen er en genvej til en alfabetisk ordnet liste over oprettede bakterier. I listen kan tilføjes Type-koder og -stamme (fx ATCC og ATCC-nummer). Tast `[F11](exit)` for at lukke oversigten.
Afslut	Når værdierne er indtastet trykkes `[F10](acceptér)`, hvorved bakterien er oprettet.	Når du er færdig med dine rettelser trykkes `[F10](acceptér)`. Så er ændringerne gemt.
`BLOKMENU - vises med [F5]` blokmenu	Tast `[F5](blokmenu)` for genvej til bakterieliste til mikroskopi eller mapning af bakteriekoder mellem analyseautomat og MADS. BEMÆRK: Standardværdier bruges ikke struktureret for nuværende.
`Bakterieliste til mikroskopi` ' mikroskopityper	I denne blok, Bakterieliste til mikroskopi, oprettes en maske, der sikrer at i de valgte mikroskopier gives der mulighed for registrering af bakterien. I første felt indtastes mikroskopikoden. I næste felt indtastes sorteringsordenen, hvori bakterien optræder i mikroskopi-programmerne. `[F9](værdiliste)` viser koder for mikroskopiformer. Tast `[F5](blokmenu)` for at vende tilbage til blokmenuen, og vælg derfra at gå tilbage til bakterien. Valgfrit.	Angivelserne kan ændres eller slettes.
`Mapning` `Mapningstype` MALDI	I øverste blokken "Mapningstype" vælges den analyseautomat, der automatisk skal sende ID til MADS ved hentning af resultater i "Dyrkning". Husk også at angive automatnavn på de relevante analyseinterfaces, hvis det ikke allerede er gjort. Mangler Mapningstype øverst, skal MADS-gruppen lige hjælpe med at oprette det.
`Bakterie` 917 `Bakteriebenævnelse` 32002 Achromobacter denitrificans `Bakteriebenævnelse i MADS` 917 Achromobact. xylosoxidans	Dobbeltklik på bakterienavnet i kolonnen "Bakteriebenævnelse i MADS til højre - i eksemplet "917 Achromobact. xylosoxidans" Alle bakterienavne i analyseautomatens interne bakterieoversigt der har lighed med MADS' bakterienavn vises i venstre kolonne "Bakterie bakteriebenævnelse". Markér i venstre kolonne det bakterienavn, der skal mappes med MADS bakterienavn - i eksemplet "32002 Achromobacter denitrificans". Klik på MADS bakteriens kode (højre side), som derpå kopieres over i venstre side. De to bakteriekoder er nu mappet. Der kan mappes flere baktierekoder fra analyseautomaten til én bakteriekode i MADS (altså flere forskellige forslag fra analyseautomaten, der konverteres til samme navn i MADS) Tast `[F5](blokmenu)` for at vende tilbage til blokmenuen, og vælg derfra at gå tilbage til bakterien. Fremover vil man kunne hente ID'et "32002 Achromobacter denitrificans" fra MALDI over i MADS som "917 Achromobact. xylosoxidans" i "Dyrkningsprogrammet" når man står på isolatet.	Angivelserne kan ændres eller slettes.

Slette en bakterie: En bakterie kan ikke slettes når den er registreret på en prøve eller indgår i en resistens-regel eller i en pop-up alarm.