MADS ONLINE MANUAL:  - Revideret  24-02-09  - SIDE  1

Spørgsmål:

"Hvordan sætter jeg MADS op, så kommunikationen fungerer med BEP2000 eller andre analyseautomat (VIDAS, LIAISON, AURORA M.FL.)?".

 

Svar:

Overblik
For at MADS og BEP2000 kan arbejde sammen, skal en række opsætninger i MADS passe sammen. Det er sandsynligt at nogle opsætninger allerede næsten passer til automatisk kommunikation med BEP2000, mens andre ikke gør. For at forstå opsætningernes indbyrdes sammenhæng og forstå forskriften, som står længere nede, starter vi med et overblik.

Eksemplet er undersøgelsen "Borrelia antistof".
Navne og analyser kan være forskellige fra laboratorie til laboratorie, men opsætning og principper er de samme.


Beskrivelse herunder hører til illustrationen.

. Undersøgelsen, Borrelia antistof, skal oprettes i programmet Ønsket Undersøgelse (Koder -> lokal prøvebetegnelse -> Ønsket Undersøgelse).
Ønsket undersøgelse i MADS er dét rekvirenten beder om (som registreres når prøven modtages) og det rekvirenten får svar på. Det er en god idé at notere undersøgelseskoden til senere brug i denne proces.

 

m. Selve kommunikationen mellem MADS og analyseautomaten sættes op og aktiveres i Analyseinterfaces (Koder -> Laboratoriet -> Analyser -> Kommunikation -> Analyseinterfaces). Opsætningen for BEP2000 laves kun en gang, uanset hvor mange typer af undersøgelse/analyser den er sat op til at skulle udføre.
. Analyserne, Borrelia IgM og Borrelia IgG, skal oprettes i programmet Analyser (Koder -> Laboratoriet -> Analyser -> Analyser). Det er også en god idé hér, at notere koderne for analyserne (både analysegruppe-nummer og analysenummer). . Opsætning i BEP2000 software skal sikre, dels at resultaterne eksporteres fra automaten til MADS i det rigtige format, dels at resultatkoderne er identiske med resultatkoderne i MADS (så 'negativ' oversættes til 'negativ', 'positiv' til 'positiv' osv).

 

ƒ. I Analysemasker knyttes analyserne til undersøgelsen (Koder -> Laboratoriet -> Analyser -> analyseMasker). En analyse eller et sæt af analyser, der i princippet er en undersøgelse, kan ikke stå alene i MADS, men må knyttes til en ønsket undersøgelse af flere grunde, bl.a. for overhovedet at kun besvare prøven.
Samtidig defineres resultatværdier, tolkninger, layout på svar m.m. Analysemasken er væsentlig, skal være bekendt inden du fortsætter.
Borrelia IgM og IgG knyttes således til Undersøgelsen, Borrelia antistof.
. I Mikrotiter opsætning kobles bestemte analyser til bestemte assays i BEP2000, og der sikres, at resultatkoderne er identiske i MADS og BEP2000 (Koder -> Laboratoriet -> Analyser -> Kommunikation -> Mikrotiter opsætning). Borrelia IgM og Borrelia IgG skal have hver sin opsætning og henholdsvis knyttes til hver sit modsvarende assay (som kunne hedde Borr-M og Borr-G).

Forskrift

1. Ønsket undersøgelse.

Undersøgelsen skal være oprettet, og den skal have svarudformning
 "1" (eller "2").
Skulle prøven besvares med en overordnet tolkning, er det nødvendigt, at afkrydse feltet "Tolkning".

 

 

2. Analyser.

Analyserne, som udføres i undersøgelsen, skal være oprettede.
Selvom BEP2000 sættes op til, at eksportere resultatværdier, modtages de kun i MADS, hvis der både er angivet "Ja" i fundværdi og et interval (accepterede fundværdier). Er der ingen interval angivelse, som i eksemplet, opfatter MADS fundværdierne som 'udenfor interval', og modtager derfor ingen.

 

3. Analysemasker.

 

Søg den ønskede undersøgelse frem.
Knyt Analyserne til undersøgelsen. Husk at angive både analysegruppen (i eksemplet "A") og analysenummeret. Knyt derpå tilladte resultatværdier til hver af analyserne. Resultatværdierne skal være overensstemmende med de værdier, som er sat op i eller sættes op i BEP2000 software og/eller i mikrotiter opsætning - se herunder.
I Kolonnerne "S" og "Nr." skal der indsættes et sorteringsnummer, men det har alene betydning for visningen i programmet Prøveanalyser, ikke for opsætning til BEP2000.

4. Analyseinterfaces.

 

I Analyseinterfaces opsættes kommunikationen med de enkelte analyseautomater. Følgende felter sættes op til BEP2000:

a. Analyseident.
Analyseidentitetens skal være "BEP2000".
b. Analyseplac.
Valgtfri tekst.
c. Computernavn.
Valgfri tekst.
d. Afsnit.
Laboratorieafsnittet hvortil disse undersøgelser i MADS er knyttet.
e. Nr. redigering.
Angiv hvordan stregkoden for laboratorienummeret er opbygget
f. Sti til MADS.
Der skal angives "C:\BEP2000\exportfiles".

 


g. Sti fra MADS.
Der skal angives "C:\BEP2000\importfiles".
h. Sti til logfil.
Valgfrit.
i. Extension til MADS.
Der skal angives "txt".
j. Extension fra MADS.
Der skal angives "txt".
k.Øvrige felter.
Behøver ikke at udfyldes, dog skal feltet Aktiv vinges af, når I er klar til at begynde.

5. Opsætning af BEP2000.

a. Hente overførte data.

Først skal BEP2000-softwaren sættes til at hente overførte data. Det gøres i menupunktet "Utilities" → underpunktet "Options" → fanebladet "File Polling". De tre markerede felter skal udfyldes som anført.

På BEP2000-PC'en skal oprettes et directory ("bibliotek") på harddisken under "C:\BEP2000\" med navnet "Importfiles".

 

b. Åbne assay'et.

I BEP2000 åbnes assayfilerne (*.asy), fx "Borr-G.asy" og "Borr-M.asy".
Filer fra Dade-Behring er låst, så man ikke kan komme til at rette i dem. De skal låses op af Dade-Behring først.

Åbn READ i assay.
Gå ind på ASSAY/READ og dobbeltklik på READ i venstre panel:

 

 

c. Åbne Report Settings.

Dobbeltklik på "Report Settings" - > Vælg fanebladet “Export” → Kontrollér at der står "Text File" i højre side → dobbeltklik på knappen "Settings".

d. Kontrollere Report Settings.

Det er ikke afgørende, hvad der står i de to øverste felter (Header fields).
“Selected Data Fields” skal indeholde de anførte felter i PRÆCIS samme rækkefølge, til og med "Well Location" (sidste obligatoriske felt). Det sidste datafelt kan være, "Quant. 1 value" og/eller "Quant. 2 value" (hvis afdelingen ønsker enten en første og/eller anden titerværdi på samme analyse), eller titerværdien kan være helt udeladt. Der kan i stedet for "Quant. 1 value"/"Quant. 2 value" angives en anden beregningsværdi, der ønskes gemt i tabellen med ' rå data' i MADS.

"Reader Value" kan også være navngivet "Raw value", som det fx sker i eksportfilen (se illustration under). Tilsvarende kan "Quant. 1" være navngivet "Corrected OD". Det afhænger af hvordan det enkelte assay er sat op.
I analysemasker, fanebladet analyselayout, angives det om resultatværdien skal med ud på svar (se illustration af analysesvar-layout), så ønskes dette, skal 'rå data' altså føres over i MADS. I øvrigt kan det være nyttig at have 'rå data' fx ved kvalitetskontrol eller specielle opgørelser.
Feltet “Separator SKAL indeholde et semikolon.

e. Eksportfil.

Når en BEP-kørsel er færdig skrives en ekportfil i BEP2000\export\. Det er en almindelig tekstfil man kan åbne og skrive ud, så man kan checke at formatet er rigtigt. Det er denne fil som hentes ind i Mads.

f-1. Resultatkoder

  

Der er principielt to måder at forholdes sig til opsætningen af assay'ets resultatkoder ("Qualitative Settings"):

  1. Den enkleste er, at sætte mapping op i (MADS') "Mikrotiter opsætning" ud fra de standard-resultatkoder, der er i det enkelte assay - se billedet ovenfor.
    Når du klikker (enkelt klik!) på "Qualitative Settings" vises de standardkoder, som assay'et er sat op til. Assay'ets standardkoder skal så lægges ind i kolonnen "Mapningsværdi" - se de røde tal i illustrationen til punkt 6.
  2. Den lidt mere komplicerede er, at ændre i assay-definitionens "Qualitative Settings", så BEP2000 afleverer resultatkoder, der matcher MADS opsætning.
    Når du istedet dobbeltklikker på "Qualitative Settings", kan du ændre koderne for de resultater, som BEP2000 afleverer - se billede og tekst nedenfor.

 

f-2. Resultatkoder

"Qualitative Setting" åbnes (dobbeltklik). I blokken "Result types", Feltet "Result"  rettes værdierne, så det matcher MADS resultatkoder. Markér den enkelte linje og ret i feltet "Result".

 

6. Mikrotiter opsætning.

 


Se eksempel med Rubella (hvor der både er konfirmatoriske analyser og overordnet tolkning)

I Mikrotiter opsætning opsættes de oplysninger om ønsket undersøgelse og analyser,
som resultaterne til og fra BEP2000 skal oversættes til i MADS.

Følgende felter sættes op:

a. (blokken) Opsætning af mikrotiterplader 

Ønsket Unds.
Koden for den ønsket undersøgelse, jf. beskrivelsen ovenfor. [F9] (værdiliste) viser de oprettede ønskede undersøgelser. I eksemplet ovenfor er koden for "Borrelia - antistof" indsat.

 

Analyse grp.
Koden for den analysegruppe, som analysen tilhører, jf. beskrivelsen ovenfor. Brug eventuelt [F9] (værdiliste). I eksemplet er koden for "Antistof" indsat.

Analyse.
Koden for analysen, jf. beskrivelsen ovenfor. Brug eventuelt [F9] (værdiliste). I eksemplet er koden for "Borrelia IgM i serum" indsat. Koden er ikke ens for laboratorierne, og kan derfor være en anden end eksemplets. Skal BEP2000 også kunne lave en "Borrelia IgG i serum", laves en anden opsætning i Mikrotiteropsætning for dén analyse.
(Eventuelt) konfirmatorisk analyse 1 og 2.
Koden for analysen. Brug eventuelt [F9] (værdiliste). I eksemplet er der ingen indsat.

Koder for kontrolprøver
Anvendes foreløbig kun til klamydia - Genprobe.

Checkboksen "Aktiv".
Afkryds checkboksen for at sætte MADS aktiv til det angivne analyseapparatur ("BEP2000").

Feltet til højre for "Aktiv" - analyseinterface
Blandt de oprettede analyseinterfaces (se også punkt 4 herunder) vælges nu "BEP2000".  [F9] (værdiliste) kan anvendes.

 

To felter til højre for "Aktiv" - assaydefinition.
Her skrives den assaydefinition, der svarer til analysen i MADS. I BEP2000 PC'en ligger assay i '\BEP2000\Assaydefinitions\'. Det skal angives nøjagtigt inklusiv store/små bogstaver og eventuelle mellemrum, ellers kan BEP2000 ikke genkende analysen. Dog skal ".asy" ikke angives efter assay-navnet.

De foreløbige angivelser skal gemmes med [F10] (acceptér)!

 

b. (blokken) Tolkning m.v. (som mapping af resultatkoder og besvarelse).

"Værdi"
Værdien i feltet "negativ" skal være identisk med analyse-resultatværdien for negativ i MADS. Tilsvarende for "positiv" og "tvivlsom positiv".

I MADS er alle resultatværdierne for analysefund oprettet i koder → Laboratoriet → Analyser → Resultatkoder - Fund, mens det tilgængelige udvalg for en bestemt undersøgelse, er defineret  i analysemasker.

"Mapningsværdi"
Felterne hér relaterer sig til valget i punkt 5. f. ovenfor.
Hvis mapping'en af resultatkoder er styret i assay'ets opsætning, og de dér er gjort identiske med MADS resultatkoder, kan disse felter være uudfyldte. Hvis mapping'en derimod skal styres hér i Mikrotiter opsætning, og assay'ets resultatkoder er forskellige fra MADS, skal assay'ets resultatkoder indsættes hér (anført med rødt).

 

"Status sættes til"
Vælg fra listen hvordan prøven skal håndteres efter overførslen fra BEP2000.

"Telefonbesvarelse?"
Ving af, hvis et bestemt svar skal udløse en krævet telefonbesvarelse.

"Overordnet tolkning"
Hvis undersøgelsen er defineret i Ønsket undersøgelse til at svares ud med en overordnet tolkning og de overordnede tolkninger er oprettet i analysemasker, skal tolkningen for hver resultatkode angives i feltet.

Gem indtastningerne med [F10] (accepter).

 

7. Lejlighedsvis aktivering/inaktivering af bestemte Undersøgelser på BEP2000.

Hvis I har en analyse I kun lejlighedsvis kører, fx i forbindelse med et projekt, kan du til- eller fravælge analysen på BEP2000 ved blot at vælge, at ændre på checkboksen 'BEP2000' i Mikrotiter opsætning for den pågældende analyse, før I overfører til BEP2000. Det er sikrest, at gøre dette inden prøvesedlen tastes ind, da overførselsprogrammet overfører alle de indtastede analyser til BEP2000 hver gang det køres.


(eller [ALT + F4])